Malkværn Skanse er en historisk kystbefæstning på Bornholms østkyst, kendt for sin rolle i flere vigtige begivenheder. Navnet "Malkværn" stammer fra et nærliggende skær, hvor lyden af bølgerne minder om en kværn, der maler malt.
Den 9. juni 1645 forsøgte bornholmske soldater, anført af Albret Wolfsen, at forhindre en svensk landgang ved skansen. Omkring 500 svenske soldater gik i land, og i den korte, men intense kamp faldt Wolfsen og hans mænd. Efter nederlaget plyndrede svenskerne Nexø. Til minde om de faldne blev der i 1901 rejst tre bautasten, samtidig med at skansen blev fredet. Den største sten bærer indskriften “ALBRET WOLFSEN // 9. JUNI 1645” mod havet og “HAN STRED // FOR KONGE OG LAND // OG MÅTTE ÆRLIGEN DØ” mod land, mens de to sidesten står uden tekst.
Skansen, der allerede eksisterede i 1600-tallet, blev udbygget under englænderkrigene (1807–14) med plads til to kanoner som led i en generel opgradering af Bornholms kystforsvar. Den er 12 meter lang og ca. ½ meter høj og var en del af et netværk af skanser, der blev anlagt med ca. 400 meters mellemrum langs kysten. I dag står Malkværn Skanse som et historisk mindesmærke og vidnesbyrd om øens forsvarshistorie.